Fin dal sec. X in molti documenti appare il nome Limone. Secondo alcuni il nome deriva da limen (confine) o da lima (fiume). Il nome del paese è stato Limone San Giovanni dal 1863; con il 1904 ha assunto quello attuale di Limone sul Garda.
Dalla metà del 15° secolo d.C., a Limone, paese legato alla coltivazione di olivi e alla pesca, cominciarono a costruire delle limonaie: apposite serre che consentirono la produzione di limoni, di cedri e di aranci, esportati in tutta Europa. Famosa è la descrizione delle limonaie di Limone che J. Wolfgang Goete, tracciò nel Viaggio in Italia. Nell’800, seguirono altre attività, quali, la produzione della magnesia, della carta, della calce e sempre favorita dal clima propizio, l’allevamento dei bacchi da seta.
Nel periodo bellico 1915-18, la popolazione venne evacuata per alcuni anni e in seguito, Limone, raggiungibile esclusivamente via monti o lago, ritornava alla pesca e alla coltivazione di olivi. Solo nel 1931 venne collegato ai paesi limitrofi dalla caratteristica Gardesana Occidentale. L’economia locale iniziò a trasformarsi, grazie all’afflusso dei primi turisti provenienti dalle regioni del Nord Europa, cominciò cosi un lento ma costante sviluppo, trasformando il piccolo paese di pescatori nell’odierno centro turistico fra i più importanti del Lago di Garda. Alla ribalta internazionale dal 1979 quanto nel sangue di alcuni limonesi è stata scoperta una proteina anomala, chiamata Apolipoproteina A-1 Milano, proteina benefica che elimina il colesterolo, un vero e proprio “ elisir di lunga vita “.