Bereits im X Jh. taucht in zahlreichen Schriften der Name “Limone” auf. Einige Sprachwissenschaftler sind der Auffassung, der Name stamme von Limen (Grenze) oder auch von Lima (Fluß) ab. Ab 1863 lautete der Name der Ortschaft „Limone san Giovanni“ und erst nach 1904 nahm sie ihren heutigen Namen „Limone sul Garda“ an.
Am Anfang des 15. Jahrshunderts, in Limone gebundenes Dorf zum Anbau von Olivenbäumen und zur Fischerei, sie begannen, einige Zitronenhaine (limonaie) zu bauen: dazu bestimmen Gewächshäuser, dass sie zu Zitronenbaum und Orangenbäumen die Produktion von Zitronen erlaubten. Berühmt geworden ist Limone durch die Beschreibung J. Wolfgang von Goethes auf seiner „Italienischen Reise“. Im Jahr 1800 folgten anderen Tätigkeiten wie die Produktion von Magnesium, Papiers, Löschkalk und die Zucht von Seidenraupen.
In die Kriegsperiode 1915-18 wurde die Bevölkerung für einige Jahre evakuiert, und später Limone (erreichbar ausschließlich über Berge oder See) kam zur Fischerei und der Anbauung von Olivenbäumen zurück. Im 1931 wurde Limone zu den angrenzenden Dörfern von Eigenart Westliche Gardesana Straße verbunden. Die Lokale Wirtschaft fing sich an, zu verwandeln dank zum Zufluss der ersten herkommenden Touristen aus den Regionen des Nordens Europas. Damit begann eine langsame, aber konstante Entwicklung die das kleine Fischerdorf zu einer der heute wichtigsten touristischen Zentren des Gardasees gemacht hat. 1979 rückte Limone ins internationale Rampenlicht, als bei einigen Einheimischen ein Protein (Apoliprotein) entdeckt wurde, welches das schädliche Cholesterin im Blut ausschaltet also ein richtiges „Lebenselexier“.